Cayo Largo mercan resifleri gibi deniz canlılarının kalıntılarından milyonlarca yıl boyunca oluşmuş bir kireçtaşı adadır. Mercan ağarması Karayipler’de bazı resif topluluklar vurguladı olmasına rağmen, yaşayan mercan resifleri bu adada turistler için bir cazibe daha oluşturmaktadır. Cayo Largo’nun kuzey kıyısında mangrov ve tuz tavaları büyük ölçüde oluşur. Adanın sualtı güney tarafı temel okyanus tabanını ortaya çıkarmak için yeterince açık görünürken, adanın kuzey tarafında su bulutlu. Bu bulanık su tortunun toprak yüzeyini yıkayıp denize sürüklemesinin ya da yüzeysel deniz tabanından yukarı çıkıyor olmasının göstericisi.
Kasım 2001’de, tüm ada Hurricane Michelle fırtına dalgalanmasıyla kapalıydı.